Testler
Hangi test yöntemleri vardır?
Esas itibariyle iki genetik test arasında ayrım yapılmalıdır.
Tanısal genetik test
Tanısal genetik testler halihazırda hasta olan kişiler üzerinde yapılan testlerdir. Burada amaç DNA’da/genetik mirasta hastalığın nedenini bulmaktır. Bu tür bir testi her doktor talep edebilir. Tanısal bir testten önce genetik bir danışmanlık gerçekleştirilebilir ancak bu zorunlu değildir. Ancak her durumda onay zorunludur.
Prediktif genetik test
Diğer yandan prediktif bir genetik test (klinik olarak) sağlıklı kişiler üzerinde yapılan bir genetik testtir. Çoğunlukla bu halihazırda diğer aile üyeleri için kanıtlanmış olduğundan test edilen kişinin bir hastalığı olduğu ya da genetik mirasta mutasyonlar taşıyabileceği şüphesi mevcuttur. Amaç, bir mutasyonun kalıtım yoluyla aktarılıp aktarılmadığını tespit etmektir. Bu bilgiyle hayatın akışında hastalığın ortaya çıkma riski daha net tahmin edilebilir. Bu tür bir test yalnızca insan genetik uzmanı doktorlar ya da özel yeterliliğe sahip diğer doktorlar tarafından yapılabilir. Prediktif bir testten önce mutlaka bir genetik danışmanlık gerçekleştirilmelidir.
Bilmeme hakkı
Tıpta ve genetikte “bilmeme hakkı” vardır: Hangi bilgileri ve sonuçları almak istediğinize, hangilerini istemediğinize kendiniz karar verebilirsiniz. Test için bir zorunluluk yoktur ve her zaman genetik bir testten vazgeçebilir ve genetik riskleri açıklığa kavuşturmayabilirsiniz. Ayrıca sonuçları bilmek istemediğinize test başladıktan sonra da karar verebilirsiniz. Genetik bir test için verilen onay da her an iptal edilebilir.
Test yöntemleri
Birçok genetik test yöntemi vardır.
Normalde aile hekiminde yapıldığı gibi normal kan örneği alınır. İstisnai vakalarda ağız epitel hücreleri de incelenebilir. Bunun için bir tür pamuklu çubuk ağız içine sürülür.
Kopya sayısının kontrolü
“Normal” kromozom analizi
Soruya ya da şüphe teşhisine göre örneğin kromozomların tamamı (= videolardan “Kromozomlar”) incelenebilir ve orada dikkat çeken daha büyük şeylerin olup olmadığı görülebilir. Ayrıca bir kromozomun Trizomi 21’de (Down Sendromu, 21. kromozomun üç kopya halinde olması) bulunduğu gibi iki yerine üç kopyası varsa tespit edilir. Ek olarak, bu tür bir kromozom analiziyle, bir kromozomda birçok bölümün çift olup olmadığı ya da kromozomun olması gerekenden daha kalın veya ince olması nedeniyle birçok bölümün eksik olup olmadığı görülebilir. Örneğin “normal” bir kromozom analizi, on yıllardır yapılabildiği gibi böyle görünür. Bu test yöntemi “karyogram” olarak da adlandırılır.
Ayrıca, kopya sayısındaki mutasyonların tespit edilebildiği başka bir yöntem olan dizi bazlı karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (Array-based Comparative Genomic Hybridization) vardır. Burada, normal bir kromozom analiziyle bulunabileceği gibi, hiçbir kromozom bütünüyle eksik değildir ve hiçbir kromozom bütünüyle iki kez ortaya çıkmaz ancak bir kromozom birkaç bölüm/nükleotit eksiktir.
Bazen sadece belirli genler (= nükleotit/kromozom) çok fazla veya çok az kopya halinde bulunur ancak kromozom sayısı değişmeden kalır. Bu, örneğin bazı bölümlerin eksik ya da çift ve üç kat olduğu bir kromozoma benzer. Bunun için MLPA (multiplex ligation dependent probe amplification) gibi özel test seçenekleri de vardır.
Nükleotit dizilimi testleri
Sadece kromozomların ve nükleotitlerin kopya sayısı değil, aynı zamanda kromozomlar ve bölümlerdeki nükleotit dizilimi de önemli olabilir. Örneğin, bir DNA’da dizilim hatası varsa ya da nükleotitlerden birinde tek bir üçlü grup eksikse, bu genellikle nükleotitleri kullanılamaz hale getirmek için yeterlidir. Bu tür testler, “Next-Generation-Sequencing” (NGS) olarak adlandırılan bir yöntemle gerçekleştirilir. Bu, çok fazla nükleotiti aynı anda okuyabilir ve değerlendirebilir. Bu durumda genom analizi, ekzom analizi ve panel testi gibi testler yaparız. Genom analizinde boş alleller ve boş sayfalar dahil tüm kromozomlar okunur ve değerlendirilir. Diğer yandan bir ekzom analizinde ise, sadece gerçekten bir nükleotit içeren kromozomlar değerlendirilir. Kromozomlardaki boş sayfalar, boş alleller ve diğer yerler daha sonra analiz edilmez. Bir panel testinde, yalnızca tahmin edilen hastalık için önemli olan nükleotitleri içerdiği bilinen kromozomlar değerlendirilir.
Sanger sekanslama
Ayrıca, Sanger sekanslama diye adlandırılan yöntemle, bazların dizilimi (videodaki “kromozomlardaki nükleotitler”) tek tek noktalarda incelenebilir ve küçük ve büyük hatalar bulmaya çalışılabilir. Ancak bununla genetik mirasın tamamı (= tüm kromozomlar) incelenemez, sadece çok küçük bir kısmı (örneğin tek bir nükleotit/kromozomun tek bir bölümü) incelenebilir.
Her genetik test yönteminin teknik sınırlamaları vardır – elde edilen sonuçlar hiçbir zaman %100 kesin değildir. Ayrıca genetik testler hiçbir zaman tüm genetik riskleri önleyemez. Göze çarpmayan bir genetik test, ailede ya da tek bir kişide hiçbir genetik hastalığın bulunamayacağının garantisi değildir.
Sonuçların anlaşılması
Bulguların, kesinliklerin ve şüphelerin özetlenmesi.
Bir testin sonuçları farklı olabilir. İlgili sonuçların ne olduğu ve bunun kişi için ne gibi kişisel, sağlıksal ve sosyal sonuçları olabileceği testten ÖNCE düşünülmelidir.
Göze çarpmayan sonuç
Bu, testte hastalığı açıklayabilecek dikkat çeken noktaların ortaya çıkmadığı anlamına gelir. Ancak bu genetik bir hastalık olasılığını ortadan kaldırmaz. Çünkü birçok hastalığa neden olan genlerin henüz tümü bilinmemektedir. Test yöntemleri daha iyi ve net hale gelmektedir, ancak yine de (tüm teknik prosedürlerde olduğu gibi) mutasyonlar “gözden kaçabilir”. Ayrıca tüm genlerin ya da olası mutasyonların hiçbir zaman incelenemeyeceği, sadece ilgili hastalıkla ilgili olanların incelenebileceği her zaman göz önünde bulundurulmalıdır. Böylece göze çarpmayan bir test, diğer kalıtımsal hastalıkların var olmadığını kanıtlamaz.
Bir mutasyonun ya da diğer genetik değişimin kanıtı
Genetik test, kalıtımsal hastalığın nedenini bulursa hastalık açıklığa kavuşur. Birçok vakada kesin bir tanı konulduğu için bu bir rahatlama sağlar. Tedavinin mümkün olup olmadığı ve nasıl yapılacağı hastalıktan hastalığa farklılık gösterir. Mutasyon bilindiğinde, bu mutasyonun ya da hastalığın kalıtım yoluyla aktarılması olasılığını oldukça doğru bir şekilde tahmin etmek genellikle mümkündür. Ayrıca diğer aile bireyleri de bu mutasyona odaklı olarak test edilebilir. Böylece kendilerinin de mutasyonu içlerinde taşıyıp taşımadıkları ve taşıyıcı olup olmadıkları tespit edilir.
Belirsiz sonuç
Bazı vakalarda, genetik mirasta iyi huylu olup olmadıklarını ya da bir hastalığa neden olup olmadıklarını değerlendirmek için hakkında çok az şey bilinen mutasyonlar bulunur. Çoğunlukla birkaç yıl sonra daha kesin bir sınıflandırma yapılabilir. Aile için böyle bir mutasyonun tespiti ilk bakışta herhangi bir ek bilgi sağlamaz ve şüpheye neden olabilir. Burada bulunan mutasyonu daha iyi tahmin edebilmek ve değerlendirebilmek için diğer aile bireylerini incelemek yardımcı olabilir.
Ailede başka kimin bu mutasyonu taşıdığı ya da hasta olduğu bilgisi bize bu sınıflandırmada yardım eder. Burada amaç, olası bir “suçluyu” bulmak değildir. Basitleştirilmiş açıklama: Ailede sadece bir kişide bu mutasyon varsa, mutasyonun aslında hastalığa neden olma olasılığı artar. Mutasyona sahip diğer sağlıklı aile üyeleri varsa (özellikle ebeveynler) bunun bir önemi yoktur.
Sınıflar/derecelendirme
Genetik, şu anda bulunan mutasyonları semptomlar ya da hastalık ile ilgili olarak mutasyonun önemine bağlı olarak beş farklı sınıfa ayırmaktadır.
I sınıf – Benign mutasyon
Göze çarpmayan sonuç: Genetik mirasta iyi huylu mutasyon
Yorum
Mutasyon hastalığın nedeni değildir
II sınıf – Muhtemel Benign mutasyon
Göze çarpmayan sonuç: Genetik mirasta iyi huylu olduğu tahmin edilen mutasyon
Yorum
Mutasyon tahminen hastalığın nedeni değildir
III sınıf – Belirsiz öneme sahip varyantlar
Belirsiz sonuç: Mutasyonun anlamı açıklığa kavuşmamıştır
Yorum
Mutasyon iyi huylu ya da hastalık nedeni olabilir. Başka testler ya da araştırma gerekir.
IV sınıf – Muhtemel patojen mutasyon
Göze çarpan sonuç: Genetik mirasta hastalığa neden olan bir mutasyonun olduğu tahmin edilir
Yorum
Mutasyon muhtemelen hastalığın nedenidir. Diğer aile bireyleri isterlerse bu mutasyona odaklı olarak test edilebilir.
V sınıf – Patojen mutasyon
Göze çarpan sonuç: Genetik mirasta hastalığa neden olan mutasyon
Yorum
Mutasyon hastalığın nedenidir. Diğer aile bireyleri isterlerse bu mutasyona odaklı olarak test edilebilir.